Az ariánusok és a nesztoriánusok kiválásával még nem ért véget a korai keresztény irányzatok formálódása. A kulturálisan sok szempontból heterogén mediterráneumban tovább folyt a keresztény irányzatok differenciálódása, amely végső soron a kereszténység súlypontjának áthelyeződésével járt. A kereszténység kezdeti közponjának számító keleti területekről a kora középkor végére áttevődött nyugat Európába, miközben keleten az iszlám kezdett gyors terjeszkedésbe. A kezdeti négy keresztény központból kettő is iszlám uralom alá került (Alexandria és Antiókia), a formálisan vezető szerepet betöltő római Pápa szerepe és jelentősége megnőtt, miközben a hajdanán vele közel egyenrangú keleti pátriárkáké lecsökkent. Ez további szakadásokat idézett elő.

A monofiziták

A monofizitizmus a nesztorianizmus tökéletes ellentéte: a monofiziták szerint Jézusnak csak egy, isteni lényege van. Első hirdetője, Eutyches (380-456) nem sokkal az első epheszoszi zsinat után állt elő elképzeléseivel (talán válaszul a nesztoriánus tanokra), és 448-ban már eretnekséggel gyanúsították meg, és kiátkozták. 449-ben azonban a második epheszoszi zsinaton visszahelyezték tisztségébe, és visszavonták a kiátkozást, és helyette az ellenfeleivel tették mindezt. Végül azonban az 451-es khalkedóni zsinaton ismét elutasították a nézeteit, és innentől kezdve a monofizitizmus az akkor még egységes kalkhedóni irányzattal szemben eretnekségnek számított. A monofizitizmus viszont továbbra is probléma maradt a birodalmon belül, mivel mire eretnekségnek nyilvánították,

A szír monofizita egyház emblémája

A khalkedóni irányzat

Khalkedóni irányzatnak szokás nevezni az 1054-ig hivatalosan egységes katolikus (vagy ortodox) irányzatot, amely ez után katolikus és orthodox egyházzá vált szét. Az elnevezés az előbb már említett khalkedóni zsinaton hozott hitelvek alapján ragadt rá az irányzatra. Azonban, a három nagyobb eretneknek számító szekta kiválása, ill. kizárása után sem alakult ki egyértelmű egység a khalkedóniakon belül, mindössze, mivel az adott geopolitikai helyzetben a zsinat után csak a római területeken volt jelen az irányzat, nem volt miért tovább mélyíteni az ellentéteket. Ez egy több szereplős játszma volt: a khalkedóni irányzat híveinek nagy része a birodalom meglevő, vagy volt területén élt. Ugyanakkor, a 6. században eme terület részben latin (Itália, Észak Afrika, Illíria, Moesia), a központ görög (Dél Balkán, Anatólia), a keleti részek pedig részben görög, részben más nyelvűek voltak, de ez utóbbi területeken ekkor már elterjedt a monofizitizmus. Az egyházi főhatalom ebből a latin (Róma) területen, a világi pedig a görög (Konstantinápoly) területen volt. A császárok számára fontos volt, hogy a birodalmat egyben tartsák, és lehetőség szerint nem akartak vallási alapú szeparatizmust, de a kulturális különbségek miatt ennek folyamatosan reális esélye volt. Az 5-6. században a Pápa a khalkedóni határozatok értelmében a monofizita papok és püspökök kizárását, és a monofiziták áttérítését szerette volna. A császárok viszont tisztában voltak azzal, hogy a folyamatos perzsa fenyegetés miatt nem kockáztathatják a hadjáratok hátországát biztosító Egyiptom és Szíria stabilitását. Ebben az időszakban már elég mély szakadékok képződtek a világi hatalom, és az annak fennhatósága alól kikerült egyházfő között. A keleti gót állam szétzúzása után Róma visszakerült birodalmi fennhatóság alá, de nem sokkal ez után a longobárdok jelentek meg Itáliában és kezdték ismét veszélyeztetni Rómát is. Ebben a helyzetben a korábbi hűvösebb viszony újra szorosabbá vált. A Pápa elég erősen függött a császártól: az esetleges longobárd támadásokkal szemben csak onnan várhatott katonai segítséget. Ebben az időszakban a közös érdek és ellenség még felülírta a teológiai ellentéteket. Azonban a frankok 6. század végi khalkedóni hitre térésével már nem Bizánc volt az egyetlen katolikus állam, a frank állam megerősödésével pedig már mástól is számíthattak segítségre. Ezért a 8. század végén, amikor a longobárdok közvetlenül Rómát kezdték veszélyeztetni Ravenna elfoglalása után, a frankoktól kértek segítséget, akik jöttek, láttak, győztek, és megsemmisítették az akkor már katolikus longobárd államot. A Pápa ezzel kikerült Bizánc érdekköréből, és bekerült a frankokéba, innentől kezdve pedig már idő kérdése volt a latin alapú nyugati, és a görög alapú keleti irányzat mikor válik ketté. Végül ez 1054-ben következett be. A frankok katolicizálásának jelentősége éppen ezért óriási. Bár az arianizmus nem rendelkezett olyasfajta egyházszervezettel, mint a khalkedóni irányzat, erős katolikus államhatalom híján korántsem biztos, hogy Európa ilyen gyorsan és egységesen katolikus hitre tért volna, ráadásul egy Bizánctól független katolikus hatalom létrejötte megakadályozta az ideológiai lehetőségét is annak, hogy az akkor éppen hanyatlóban levő birodalom a régi nagyság feltámasztásán gondolkodjon az irányítása alatt levő katolikus egyházat felhasználva. Nagyjából ez az a pont, ahol a Európa kulturális fejlődése végleg elvált Bizánctól és a római örökségtől.